Ciao

I clip filmato creati o duplicati da script non hanno nessun riferimento con la timeline, per cui una volta creati resteranno lì anche se ti sposti tra i frame.
Per eliminarli dovrai utilizzare removeMovieClip().

Per facilitarti il lavoro potresti ad esempio crearti una funzioncina che elimini in modo automatico i vari mc creati precedentemente, e che richiamerai ogni volta che ti serve.

Mettiamo il caso che i mc abbiano un nome indicizzato, ad es mc0, mc1, mc2, ecc., puoi crearti una funzione del genere:

codice:
var eliminaMc = function () {
	for (var id = 0; _root['mc'+id] != undefined; id++) {
		_root['mc'+id].removeMovieClip();
	}
};
Ogni volta che cambierai frame, prima di duplicare altri eventuali mc, basterà richiamare la funzione eliminaMc() per eliminare tutti quelli creati in precedenza.