Si possono scrivere interi libri sui linguaggi lato-server, ed in effetti ne sono già stati scritti a migliaia.
La domanda è troppo generica per essere trattata su un mezzo di comunicazione come un forum informatico. Ti conviene restringere la tua domanda fissando un po' di vincoli tecnici, per esempio descrivendo la particolare applicazione di interesse. Considera che quasi tutti i linguaggi Web sono equipotenti, la differenza la fanno i problemi di natura economica, tecnica, "estetica", etc.
E' un po' come chiedere "quale è il linguaggio da usare per sviluppare applicazioni desktop?". Si può usare l'Assembly, Visual Basic ed una caterva di altri linguaggi, ognuno con i propri punti di forza/debolezza.
