Bug di IE ce ne sono molti. E sono bug che i browser si portano dietro nelle varie versioni, perche` la Microsoft preferisce mantenere la compatibilita` all'indietro.

Ci sono dei siti specializzati nella catalogazione dei bug di IE e nelle soluzioni relative: uno e` citato anche nei "link utili" del forum.
Oppure puoi provare a passare a XHTML Strict, linguaggio in cui anche IE 6 e 7 si comportano molto piu` similmente ai brwoser standard.

Se non trovi la soluzione, posta il codice HTML+CSS dei due blocchi e del loro contenitore, in modo da conoscere che oggetti sono e come sono stati avvicinati. Posta anche la DTD usata, dato che il comportamento di IE cambia con la DTD.