Come non detto, non so cosa sia successo, ma dopo aver montato e smontato l'HD un paio di volte ora il propietario della periferica è diventato il mio utente (non più root) e quindi posso farne quello che mi pare.
Quindi per formattare una qualsiasi periferica GParted e il pacchetto dosfstools per sempre!

Scusate l'euforia ma erano mesi che avevo sto HD USB da formattare fat32.
questo perchè cfdisk mi dava sempre errore e il comando mkfs è troppo complicato da usare.