Dunque, JS effettua modifiche Temporanee al HTML. Quando ricarichi la pagina tutte le azioni vengono cancellate. Devi creare un metodo che setta le le impostazioni nei Cookies o nella sessione (se stai usando un linguaggio di Scripting lato server) se vuoi che rimanga, creando un sistema di aggiornamento della pagina al caricamento in base a quelle impostazioni.

In ogni caso, queste sono cose che richiedono una bona dose di lavoro...