mmm come esempio non è proprio er mejo... comunque la questione non è che non è una questione JS, quando tu clicci su di un file non HTML, o che comunque non ha un content-type text, il browser decide come gestirlo secondo la propria configurazione. Alcuni file come mp3, immagini, video mpeg, alcuni tipo di documenti (come PDF), sa come trattarli ed allora li gestisce in automatico (tipo la musica la manda in play, come i video, i PDF li apre con il reader integrato, e così via). Tutti gli altri tipi di file che non sa gestire o che non riguardano esplicitamente il browser (tipo un EXE) vengono scaricati.

In Firefox c'è nelle impostazioni l'opzione scarica sempre, ma non so se anche explorer lo permette di modificare, temo che l'unico modo sia di cliccare col destro e fare "Salva" o "Salva come .."

In ogni caso, temo che con JS non puoi fare nulla.