credo possa essere una questione di path.
Codice PHP:

$nomeutente = "pippo";
$path = "e:/server/nomesito/public/" // uso public perchè su iis puoi scrivere solo in questa.
$pathutente = $path . $nomeutente;

//questa è la cartella che si chiamerà PIPPO
mkdir($pathutente,0777);

//questa è la cartella che si chiamerà documenti
$pathdocumenti = $path . $nomeutente . "/documenti";
mkdir($pathdocumenti,0777); 
devi cambiare la path iniziale e fare un po' di prove... ho scritto il codice senza testarlo.. però la logica è questa..