Secondo me il discorso è piu ampio. Dipende da cosa vuoi fare tu, a livello di protezione o di che tipo di server usi ad esempio.
Con IMAP puoi evitare di sprecare banda e acquisisci velocità nel download delle mail. Io ho configurato diverse reti utilizzando il POP3 con 10-15 client collegati a un Exchange server. Ogni client leggeva solo la sua posta e non mi serviva avere IMAP