non è questo, ma il
window.onload = Shadowbox.init;
che sovrascrive la funzione che hai postato devi mettere tutto quello che vuoi che venga eseguito al load della pagina in un'unica funzione o non verrà mai tutto eseguito:
Codice PHP:
<script language="JavaScript"><!--
window.onload = function(){ 
refreshIt();
Shadowbox.init();
/*Altro che deve essere eseguito al caricamento della pagina*/

}

function 
refreshIt() {
   if (!
document.images) return;
   
document.images['terabit01'].src 'http://mystatus.skype.com/smallclassic/terabit01.it?' Math.random();
   
setTimeout('refreshIt()',10000); // refresh every 10 secs
}


//--></script>