non ho mai usato le api google maps, ma da quanto ho capito devi gestire tutto tramite javascript, c# ti puo' servire solo per "scrivere" gli script ad hoc da inviare ad un client che si incaricherà di gestire il tutto ma sempre lato client. penso che se tu abbia bisogno di ricevere dati da elaborare con c# debba pensare piu' ad asp.net e gestire tutto tramite il classico client-server, quindi tutta l'elaborazione verra gestita in un secondo momento (quando invii i dati al "server") e non metre lavori lato client. A limite potresti gestire gli eventi di javascript per comunicare al "server" quando necessario, ma non credo che sia il "c#" a dovere chiamare lo script come tecnicamente fai ora perchè comunque puoi invocare gli script ma non puoi gestire la logica se non dentro il client stesso, e sarà lui a inviare dati, non il c# a richiederli.

poi ti ripeto, io non mi sono mai cimentato in cio', quindi magari ci sono cose che non so ho magari che ho capito male