allora, ci ho dato un'occhiata un pelo più approfondita:

1. come window.onLoad hai inserito solo Shadowbox.init(), ergo refreshIt non verrà mai chiamato.
2. l'errore che indichi per primoè dato dal fatto che quella funzione js richiede due elementi con id 'animmenu' e 'animmenu3', nella tua pagina c'è solo 'animmenu', chiaramente quando chiama l'altro non funziona. Scommetto che hai preso lo script ed hai copiato l'html, togliendo poi la parte che non ti serviva....
3. Seriamente... ti sembra il caso di importare 82 Kb di script più tutta la parte nella pagina per fare queste due cose? So che Shadowbox è bello grosso, ma tutto il resto per fare un menù mi sembra un po' tanto...