Dovresti farti una funzione che controlla il nome di ogni file nella directory in modo da verificare se deve essere cancellato e poi passare alla cancellazione dello stesso.
Guardati il costrutto foreach su php.net e come esplorare le directory.
Per il controllo dovresti esplodere il nome del file in un array e vedere se il primo membro inizia con la tua ricerca e se e un file pdf.
Ciao