ma, io la classifica (se per classifica intendi le squadre in ordine di punti fatti) la otterrei con una

select * from Squadra ODER BY punteggio DESC

Per il punteggio, in effetti sarebbe un po' difficile farlo con le funzioni MySQL, ti conviene magari fare un UPDATE a in PHP ogni volta che inserisci una partita (Incontro), aggiornando il punteggio in caso di vittoria, o pareggio.

tu potresti fare un Trigger per la tabella Incontro, in modo che il risultato (1,2,X) si autoaggiornasse ad ogni inserimento o modifica.

Successivamente, per ottenere il punteggio di una squadra ti basterebbe fare:

"SELECT COUNT(id) FROM Incontro WHERE casa LIKE '$squadra' AND risultato = '1'" * 3 +
"SELECT COUNT(id) FROM Incontro WHERE casa LIKE '$squadra' AND risultato = 'X'" +
"SELECT COUNT(id) FROM Incontro WHERE ospiti LIKE '$squadra' AND risultato = '2'" * 3 +
"SELECT COUNT(id) FROM Incontro WHERE ospiti LIKE '$squadra' AND risultato = 'X'"

Poi, così su due piedi, non mi viene in mente come farlo fare a MySQL con una sola query, ma sicuramente qualcun'altro ti potrà dare una mano.

L'unica cosa che non mi piace è che in Incontro una squadra può essere sia casa che ospiti, quindi devi controllarle entrambe. Sfortunatamente, non vedo modo per taglare la tabella in modo da gestire l'incontro per singola squadra...