Premetto che non so niente di PHP e poco di Flash, comunque se guardi nel forum dedicato a Flash ci sono dei post che parlano di come si renda trasparente un'animazione.
Quanto alla sparizione del filmato alla fine penso sia dovuto ad una interazione fra PHP e Flash.
Ho dato solo un'occhiatina veloce e quindi non son sicuro di quanto detto, ma mi sembra una spiegazione plausibile.
Ti consiglio comunque di inserire questa richiesta nel forum di flash

Ciao