Se hai spazio disco sufficiente sul server c'è un semplice escamotage, lo usavo prima di avere il server.
Installi phpmyadmin per conto tuo (anche se c'è quello dell'hosting) in una cartella protetta, e non dimentichi di impostare le cartelle

Codice PHP:
$cfg['UploadDir'] = '';
$cfg['SaveDir'] = ''; 
nel config

a quel punto quando fai l'esportazione da phpmyadmin ti da in fondo l'opzione da scegliere:

Salva sul server nella directory XXX


Una volta che ha finito puoi tramite ftp scaricarti il file di backup e cancellare quello sul server
In questa maniera sorpassi tutti i limiti di memoria, puoi fare backup praticamente infiniti, purchè ovviamente hai abbastanza spazio disco sul server

Se dovessi mai aver bisogno (ti auguro di no) di ripristinare un backup dovresti fare l'operazione al contrario uploadando il file sull'altra cartella