Nel momento in cui ricevi il file, come saprai hai nell'array $_FILES diversi dati, tra cui il nome del file originale, e il tmp_name.

Quando fai l'upload userai la funzione move_uploaded_file per spostare il file temporaneo alla directory di upload.

Non so se tu assegni un nome tuo, o se lasci il nome originale del file, ma in quel momento ti puoi creare una query e andare a scrivere su db il percorso che ottieni.

Sinceramente siccome non ci vedo una grossa difficoltà, non so se ho risposto a quello che chiedi :-)