grazie per la risposta, il metodo che indichi lo sto già usando per avviare la conferenza, ma serve solo ad avviare skype se non lo è di già, e a raggiungere gli altri utenti skype. ho visto che ci sono altri metodi che usano le api proprietarie, tra questi lo skype4com, ma sembra essere solo per windows, l'altra valida alternativa mi sembrava fosse skype4java ma è datato 2006.
Inoltre utilizzzando le api di skype mi pare di aver capito che posso loggarmi con l'user e passwd che imposterei tramite variabili php senza passare dal login della maschera di skype eseguibile, ma se ciò è possibile solo da windows non va bene.