Lato client si puo` realizzare, ma la cosa diventa molto complessa.
Ritengo che lato server sia moltopiu` semplice.

Infatti hai comunque un programma lato server, dato che fai l'upload dei file.
A quel punto implementare un programma di grafica che lavori in batch e` possibile, e, sapendolo fare, anche facile.

Io non so consigliarti (mai lavorato con la grafica in batch), ma sicuramente nei forum lato server lo sanno. Oppure nel forum di grafica, ma non credo che sia cosi` complicato.

Sposto in PHP.