Se ti prendi la briga di convertili prima tu in pdf li puoi unire con PDF Splitter And Merger.

http://www.paologios.com/products/psm.aspx


Non so quanti file tu debba gestire. Se vuoi automatizzare il processo eventualmente dai anche uno sguardo a questa vecchia discussione

http://forum.html.it/forum/showthrea...&highlight=pdf

in cui si parla dell'elaborazione batch di pdfcreator, altro sw freeware.