Ciao.

Non afferro bene il problema.

Innanzitutto quando pubblichi il filmato devi ottenere un swf, che è quello che dovrai inserire sulla tua pagina html. Se hai pubblicato anche l'html, otterrai sia il file swf che il file html.
A quel punto il .fla, che avrai salvato, non ti servirà più (se non per future modifiche al filmato).

Verifica quindi se hai caricato il filmato swf sul tuo spazio web.
Poi c'è da vedere come è stato incluso questo swf sulla pagina html.