nono, DOM non funziona così:

Per inserire un nodo devi:

Creare un Element (ad esempio <domain-id>)

Create un TextNode $xmldoc->createTextNode('7');

Appendere il text node all'element e poi l'element al padre.

Il setValue serve solo a cambiare il contenuto dei TEXT NODE non degli ELEMENT NODE: se vuoi modificare il valore di un nodo uno prendi l'ELEMENT ottieni il TEXT, figlio dell'ELEMENT, e fai setValue sul TEXT.