nono, DOM non funziona così:
Per inserire un nodo devi:
Creare un Element (ad esempio <domain-id>)
Create un TextNode $xmldoc->createTextNode('7');
Appendere il text node all'element e poi l'element al padre.
Il setValue serve solo a cambiare il contenuto dei TEXT NODE non degli ELEMENT NODE: se vuoi modificare il valore di un nodo uno prendi l'ELEMENT ottieni il TEXT, figlio dell'ELEMENT, e fai setValue sul TEXT.