Grazie per la risposta, è stata la prima cosa che ho provato, anche perchè in alcuni programmi tipo Aqua Data Studio si fa proprio così, infatti riporto dal manuale ...
When registering an SQL Server you may specify in the Hostname text the name of the SQL Server and the Instance name in the format \\ServerName\InstanceName without a port to enable an Instance connection.
Dunque, diciamo innanzitutto che son riuscito a risolvere , ho ricostruito la soluzione prendendo pezzi un po dalle guide di sql server e un po dalla documentazione di pear, ecco come ho fatto :
- su windows avviate l'SQL Server Network Utility il cui link è nel solito menù sotto start -> programmi -> SQL Server
- Cliccare sulla scheda General e poi scegliere nel menù a tendina l'istanza desiderata.
- Scegliere il protocollo TCP/IP e poi cliccare su Proprietà.
- Si noterà che l'istanza principale è sotto la porta 1433 che è quella usata di default, mentre invece la seconda istanza avrà una porta completamente diversa, nel mio caso era la 49719
- modificare la riga di php dove si assegna il valore alla variabile $db_host come segue :

Codice PHP:
$db_host="tcp(10.x.x.x:49719)"; 
a questo punto ci si collega alla seconda istanza anzichè alla prima

ciao a tutti