se ho capito bene il problema sta solo nel bootloader
No, è molto piu' complicato.
E' windows ha complicarlo.

i sistemi windows non si avviano da partizioni logiche, autonomamente.

Per far si che questo avvenga, bisogna installare un bootmanager, nel primo disco di avvio, che contenga le informazioni di avvio delle varie partizioni, le quali hanno nel bootloader le informazioni specifiche di avvio.

Quindi dopo la fase di post, si avvierà il bootmanager, il quale contiene le informazioni di avvio delle varie partizioni, e a seconda della scelta fatta, andra a leggere il bootloader della specifica partizione.

Il discorso è lungo e complicato, non ho trovato link esaustivi sull'argomento.

Ciao