Dipende da cosa utilizzi per creare la lista.

Se utilizzi glob() puoi semplicemente indicargli l'estensione dei file che vuoi elencare. Se utilizzi opendir()/Dir, etc. puoi inserire un controllo prima di salvare il nome del file in un array. Se hai l'elenco dei file in un array puoi utilizzare array_filter() ed un'espressione regolare. E così via.