La faccenda è stranuccia perché i suoni di Win (quelli di sistema) vengono processati con lo stesso dispositivo che processa tutti gli altri. Lunica differenza, sulla scheda Audio, è la Table che genera i file MIDI, mentre la Wave Table processa tutti gli altri tipi di file sonori "mappati".

Cmq, la definizione "suoni distorti" mi fa nascere un sospetto:
hai, per caso, un cavetto inserito nella presa Line Out della scheda Audio e magari l'altro capo del cavetto poggia per terra, o peggio, su qualcosa di metallico?
In tal caso si verificherebbe una cosiddetta interferenza di bassa frequenza che potrebbe lasciare "illibata" la riproduzione dei file-canzoni e quant'altro ma agire sui suoni di sistema.

Un'altra idea (un sospetto, sempre) è quella di un volume esagerato nel pannello che si apre quando clicchi l'altoparlatino nella SysTray, e un volume settato bene, con una buona equalizzazione, nel pannello dedicato alle opzioni del software (suo) della scheda Audio.
Te lo dico perché a me succedeva l'esatto contrario: suoni di sistema buoni, e canzoni distorte. Regolando bene le "leve" dell'interfaccia software della scheda Audio, ho riequilibrato il tutto.

Ah... un "file audio corrotto" non lo senti distorto... Non lo senti proprio.