credo possa interessarti Lightwindow, mi pare faccia esattamente ciò che dici, nella pagina demo clicca sul 5° esempio, swf gallery, permette di selezionare molteplici gallerie immagini

http://stickmanlabs.com/lightwindow/

a questo indirizzo invece trovi tutte le mod esistenti di lightbox(o almeno le principali) :
http://planetozh.com/projects/lightbox-clones/

dal box in alto a destra li puoi filtrare in base ai tipi di file che devi visualizzare(Features)