quello non è codice PHP, ma codice JS, ho solo usato il tag BBCode [PHP] per evidenziare il colore.

Quello che devi fare è aprire con un editor il tuo file accordion.html, cercare nell'head la funzione init(), dentro questa trovi il new fx.Accordion(...

cambia la riga con

var myEffect = new fx.Accordion(titoli, contenuti, {opacity: true, duration: 1800,alwaysHide:true, start :'none'});

l'unico problema è che non conosco questa versione di Accordion, è parecchia vecchia, quindi non so se funziona. Dovresti aggiornare il framework finché sei agli inizi, vai su http://mootools.net e scegli download, con quello non hai più bisogno di Prototype perché ha già tutto lui dentro.