Un limite è un limite, a molte cose puoi girarci intorno ma ce ne sono certe che non puoi evitare.

Il trasferimento via ftp nasce perché è impossibile caricare via web dati troppo grandi.

Ti faccio un esempio, proprio questi giorni ho sbattuto la testa su un altro problema, in un sito ho creato una gestione di immagini, se carico immagini troppo grandi, tipo una jpg da 1,4 mb, su aruba crolla tutto.

Il problema non è di grandezza, ne di tempo, ne di limiti di upload, è un problema di limiti di memoria, lavorare un'immagine occupa memoria, una jpg da 1,4 occupa uno sproposito...

Il tuo problema è questo, hai dei limiti, il tuo script viene eseguito una sola volta (quando viene caricata quella pagina) e in una singola caricata non puoi superare quei determinati limiti.

Se poi aggiungi, come dicevi, limiti come l'impossibilità di cambiare le impostazioni di base, stai fresco...

Gestione wia web e file di grosse dimensioni non vanno molto daccordo VVoVe: