In realtà ho risplto.. quasi.
Non veniva caricato tutto perche nel file da caricare ad un certo punto c'era un _level0.gotoAndPlay(qualcosa) o un _root.gotoAndPlay(qualcosa).
Sostituito con un _parent.gotoAndPlay(qualcosa) funziona.
In realtà è strano perche ho usato this._lockroot = true nel primo fotogramma del file da caricare e mi apetterei ti poter trattare il livello _root del file da caricare come _root di se stesso!
In ogni caso l'unica cosa che non funziona sono i suoni, presenti in libreria e caricati con attachSound.
Funzionano solo quelli caricati direttamente sulla timeline o quelli caricati dall'esterno con loadSound.