MM ok allora si tratta di fare qlkosina con js.

Sulla pagina che gestisce la login se va tutto bene te fai un redirect
con la funzione header di php.

togli il redirect e fai una cosa del genere



Codice PHP:

echo "
<script type=\"text/javascript\">

window.parent.location.href="[url]";
window.close();
</script>
"; 
Non ho avuto modo di testare ma dovrebbe andare.
Praticamente cosa fa:
Se nn ci sono problemi con il login scrive sulla pagina lo script js.
Lo script una volta caricata la pagina viene eseguito direttamente dai browser e risale alla pagina che ha generato il popup forza un redirect e chiude la finestrella corrente.

Prova cosi'