Secondo me la sol migliore e' usare dei block box css con overflow auto.

Se nn ho capito male hai dei blocchi che vuoi far scrollare indipendentemente dalla pagina.

A sto punto gli scrivi in css gli attributi per farne dei block box con overflow:auto.
A quel punto si arrangia il browser

Codice PHP:
<style type="text/css">

#outer_block
{
     display:block;
     width:200px;
  
     height:200px;

     overflow:auto;
     padding:0;

border:1px solid black;
}
#inner_block
{
     display:block;
     width:180px;
}

</style>

</head>


<body>

<div id="outer_block">

  <div id="inner_block">
    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

    Lorem ipsum ......

  </div>

</div>

</body> 
Magari poi ti sistemi il css e fai in modo che rientri correttamente nella tua pagina.
Cmq se il testo dentro "inner_block" si allunga in verticale il browser ti mette in automatico la scrollbar verticale e se la gestisce lui.

Poi ovviamente puoi anche mettere overflow:hidden e gestire la rotellina con mootools.