ciao, potresti associare a ogni tr un id del tipo "tr1" e al relativo checkbox un altro id del tipo "c_tr1", e poi usare questa funzione:

codice:
function cambiaStato(the_id){
 var real_id="c_"+the_id;
 document.getElementById(real_id).checked=!document.getElementById(real_id).checked;
}
richiamata così:

codice:
<tr id="tr1" onclick="cambiaStato(this.id)" ...>
saluti