Non tutti i programmi consentono di aprire un 'istanza' un pò come avviene con 'apri una scheda' e 'apri un altra finestra' per far capire a chi non è chiaro cosa intendi (se ho capito bene io )
Comunque ci sono diversi modi per aprire un programma, questo puo influire sul tuo problema. esempio: se clicchi su un file word e poi su un altro si aprono due istanze diverse, come vuoi fare tu. Per altri non è possibile.
Hai un esempio specifico di qualche programma che prima si apriva in un modo e poi in un altro ?