il timeout della pagina e' definito sulla config di apache .

Immagino tu abbia un ciclo da qlke parte .
Il controllo fallo all'interno del ciclo.

oppure in mezzo al codice.

all'inizio prendi la ts con

$start = time();

while(condizione)
{
if( time()-$start > XXX )
die("TIMEOUT PER IL CICLO");
}

se hai un ciclo che nn sai se termina etc metti il controllo la.

Senno lo metti in giro per il codice dove supponi possono verificarsi rallentamenti.

nel caso per test modifica httpd.conf e aumenta il limite di timeout per la pagina.


EDIT:
attenti che time usa la unix timestamp e utilizza i secondi mentre microtime funziona in modo diverso come puoi vedere qua