Fai cosi'...
Nel tuo foglio di stile specifichi la formattazione dell' header ma non metti il background...

Poi fai delle classi dove inserisci solo il background e la classe la associ all 'id...
Ti faccio un esempio:

#header{
width:300px;
height:200px;
margin:0 auto;
padding:0;
}

.home{
background:url(img/imghome)..........
}

.pagina1{
background:url(img/imgpagina1)..........
}

.pagina2{
background:url(img/imgpagina2)..........
}

e cosi' via per tutte le pagine in cui ti serve un' immagine di bg diversa

Poi nell html inserisci:

Per la home page:
<div id="header" class="home">

Per la pagina 1:
<div id="header" class="pagina1">

Per la pagina 2:
<div id="header" class="pagina2">

e cosi' via per tutte le pagine alle quali vuoi associare un bg diverso tramite classe...

Non mettere lo style ai div header non serve...fai tutto tramite il tuo foglio di stile...

P.S. Non usare il link rel usa la funzione @import!

Spero di averti fatto un po' di chiarezza...

Ciao!