Non so cosa intendi con "applet". Non e` un tag HTML riconosciuto dagli standard.
In linea di massima un'applet si inserisce tramite il tag <object>.

All'interno di <object> si devono poi mettere i vari <param> che servono all'oggetto esterno per modificare alcune cose. Quali <param> son necessari dipende da come e` fatto l'oggetto applet. Di solito uno dei <param> serve per definre lo sfondo, che potrebbe anche essere transparent.

A quel punto puoi definire lo sfondo del <div> che contiene l'<object>, ma lo vedi solo se lo sfondo dell'<object> e` trasparente. E naturalmente i bordi li puoi definire, come pure padding e margin.