Allora, purtroppo non posso aiutarti perchè non ti seguo.

Comunque, questo è l'ultimo esempio: una pagina a.htm che richiama tramite ajax, una pagina, b.php

a.htm
codice:
<!DOCTYPE html PUBLIC "-//W3C//DTD XHTML 1.0 Transitional//EN" "http://www.w3.org/TR/xhtml1/DTD/xhtml1-transitional.dtd">

<html xmlns="http://www.w3.org/1999/xhtml">
<head runat="server">
    <title></title>
    <script type="text/javascript" src="../js/prototype.js"></script>

<script language="javascript" type="text/javascript">
// <!CDATA[

    function caricaBox(string, IdBox) {
        var url_action = string;

        new Ajax.Request(url_action, { onComplete: showResponse });
        function showResponse(originalRequest) {
            var t = originalRequest.responseText;
            t = execJS(t);
            $(IdBox).innerHTML = t;
        }
        return false;
    }

    function execJS(t) {
        var p1 = 0, p2 = 0, p3 = 0, p4 = 0;
        p1 = t.indexOf("<" + "script", 0);
        if (p1 == -1) return t;

        p2 = t.indexOf(">", p1 + 7) + 1;
        p3 = t.indexOf("<" + "/script>", p2);
        p4 = p3 + 9;

        var c = t.substring(p2, p3);
        var s = document.createElement("script");
        s.type = "text/javascript";
        s.text = c;
        document.getElementsByTagName("head")[0].appendChild(s);

        t = t.substring(0, p1) + t.substr(p4);
        return execJS(t);

    }
// ]]>

</script>

</head>
<body>
    <form id="form1" >
    <div>
        <input id="Button1" type="button" value="button" onclick="caricaBox('b.php?ajax_comando=1&nome=pietro','div');" />
        


        vai
        


        <div id="div"></div>
    </div>
    </form>
</body>
</html>
b.php
codice:
<?php

echo "Ciao, Mondo!\nProva di caratteri accentati: àèéìòù";
echo "<script type=\"text/javascript\">alert(\"Codice javascript inviato con ajax\\nProva di caratteri accentati: àèéìòù\"); /*initialize Tab Menu*/</script>";

?>
a me funziona benissimo