stai facendo un po di casini. in javascript non puoi creare codice php, quello che tu fai tra l'altro è doppiamente sbagliato, poichè php nel momento di generare la pagina esegue il codice che trova all interno della stringa, salvandoti il file. come fare ? un metodo c'è
utilizzare un iframe nascosto e cambiare la location, facendolo puntare ad un altra pagina php dove passerai il tuo parametro
oppure utilizzare una chiamata ajax se non vuoi utilizzare un iframe,