Che io sappia il file app.config viene usato come base, e ad ogni suo salvataggio in realtà ne viene creato uno nuovo che contiene solo le impostazioni modificate che sta da qualche parte nella cartella del profilo dell'utente. All'avvio viene effettuato il merging in memoria di tutti questi file intermedi così che il programma possa ottenere facilmente le impostazioni salvate.