normalmente non si fa come dici... ma il db di sistema si popola con "mysql_install_db"

cito il mio script di start su slackware
codice:
# Before you can run MySQL, you must have a database.  To install an initial
# database, do this as root:
#
#   mysql_install_db --user=mysql
#
...
sulla documentazione di mysql trovi anche questo!
ciao