Ammettendo che sulla pagina che apre la popup tu abbia un form di nome "modulo", prova:

opener.document.forms['modulo'].elements['file1'].value = 'dns.txt'; window.close();

Se stai agendo da un frame o la pagina attualmente visualizzata nel popup non e' quella iniziale del popup stesso, le cose si complicano... ma solo un poco

ciao