Hai completo accesso al server su cui andrai ad eseguire il tuo script?
In PHP esistono molte funzioni per eseguire e gestire l'output di eseguibili da linea di comando (vedi http://www.php.net/exec ).
Il problema è che l'utente che esegue il PHP potrebbe non avere i privilegi necessari per accedere alle chiavi di registro che ti servono. Non puoi modificare l'installer e fargli salvare le stesse informazioni anche su file system?