La "sequenza di shutdown" inizia quando l'esecuzione dello script è completata.

In "ordine qualsiasi" significa che non c'è alcuna garanzia che il metodo __destruct() di una classe venga richiamato prima di quello di un'altra classe, etc.
Questo va tenuto a mente quando, ad esempio, si liberano risorse collegate (es. la connessione ad un database ed i recordset).

In ogni caso chiamare mysql_close() a quel punto è un po' inutile visto che comunque PHP chiuderebbe automaticamente la connessione al DB (a meno che sia persistente).