Hai provato a fare un semplice upload di un file di dimensioni contenute (es. sotto i 2 Mb)?

Come da manuale: If not specified (upload_tmp_dir) PHP will use the system's default.

Per quanto riguarda il limite indicato in upload_max_filesize, la direttiva è modificabile PHP_INI_PERDIR, per cui puoi modificarlo tramite .htaccess.