ti scarichi Prototypejs, lo includi nell'head, crei un file .PHP, o quello che vuoi, con il contenuto del DIV che vuoi che si aggiorni.

poi fai:

<script type="text/javascript">
Event.Observe(window, "load", function(){
new Ajax.PeriodicalUpdater('IdDiv', 'file.php', { method: 'get', frequency: 3, decay: 2 });
})
</script>

Dove IdDiv è l'id del div da aggiornare e file.php è il file con il contenuto del div.