I problemi possono essere tantissimi.

Vedo con on submit hai messo return false .... vuoo dire che invii con ajax i dati?
Ovviamente se fai cosi' devi stare attento ai js.

I conflitti non possono generarsi perche' php sta lato server e js lato client.
Quello che puo' succedere e' che ajax per esempio mandi dati sbagliati o parametri che lo sript non gestisce oppure stringhe con caratteri strani .. per esempio se concateni i parametri e un utente scrive & si impalla tutto perche' & e' il carattere di separazione nei parametri in get. Etc etc i prob possono essere molti da quellio che hai messo non si puo' sapere dove stial il problema.