Beh, dipende da cosa intendi per INTERAMENTE in Javascript.

Io ho fatto un sito COMPLETAMENTE gestito con AJAX, cioè non si cambia mai l'URL della pagina e le modifiche sono solo in AJAX. Questo ha alcuni vantaggi dal punto di vista delle prestazioni (dato che il browser carica solo pezzi di HTML piuttosto esigui), ma ha diversi problemi dati dalla navigazione del browser, infatti caricando solo la pagina principale, senza cambiare mai l'URL, le azioni di Back e Refresh non funzionano.

Nella mia esperienza come programmatore, e combina guai di prima categoria, posso solo dirti che "Il troppo Stroppia": i siti devono essere SEMPRE visitabili, anche senza l'ausilio di Tecnologie come JS, Flash ed altre cose lato client. Queste possono dare una visione del sito più piacevole ed un'interfaccia più intuitiva e facile (per esempio i menu ad albero in cui si aprono solo i nodi che interessano), ma devono poter anche essere disabilitati e non per questo negare la navigazione del sito (nell'esempio dell'albero, se JS è disabilitata deve venire visualizzato l'albero completamente aperto).

Questa è la mia opinione sulla cosa, siete tutti liberi di correggermi e/o cazziarmi