Beh, se hai l'indice della posizione dove l'elemento deve essere inserito puoi fare:
Codice PHP:
var indice; //l'Indice dove inserire l'option
var newOption=document.createElement('option');
newOption.appendChild(document.createTextNode(nome));
newOption.value=ajax.responseText;
var mySelect = document.getElementById("MySelect");
mySelect.insertBefore(newOption, mySelect.options[indice]);