Beh, se hai l'indice della posizione dove l'elemento deve essere inserito puoi fare:

Codice PHP:

var indice//l'Indice dove inserire l'option

var newOption=document.createElement('option');
newOption.appendChild(document.createTextNode(nome));
newOption.value=ajax.responseText;

var 
mySelect document.getElementById("MySelect");

mySelect.insertBefore(newOptionmySelect.options[indice]);