Beh... per ottimizzare le query ci sono moltissimi accorgimenti, tra i quali capire quali siano i parametri che rallentano una query piuttosto di un'altra.
Per capirci, fare tutte SELECT * anche quando devi andare a recuperare i parametri solo di 2 o 3 colonne è innegabimente un collo di bottiglia.

Ad ogni modo, un buon metodo per velocizzare le query è creare degli indici su particolari colonne.
Ti invio un LINK AL MANUALE UFFICIALE per capire come MySQL utilizzi gli indici.