Il limite del phpMyAdmin dipende dalla configurazione del PHP.
Puoi comunque provare comprimendo il file SQL, solitamente si riesce a risparmiare molto.
In alternativa, configura il server MySQL per accettare connessioni dall'esterno (se non lo fa già) e poi utilizza un client tipo mysql, DBTools, MySQL CC, etc. per fare l'import dell'SQL senza passare per il web server.